海洋环境监测的大部分内容都是提前设计好的，所以每天的工作也往往是按部就班。不过在监测标准当中，也有一些应急的预案，尤其是发生突发灾害的时候，就需要启动应急监测的措施，这样才能更好地观察灾害的变化，也能更好地完成治理工作。
很多海洋灾害也都是在常规海洋环境监测的过程的过程当中发现的，比如在对海水水质进行观测的时候，通过对海水当中浮游生物含量的测定，就能预先发现赤潮的迹象，并且发出预警。而当赤潮发生到一定规模之后，还需要安排更严密的监测措施。比如通过出海的方式近距离取样观测，但要避免因为观测活动本身对样本造成破坏，在观测船距离灾害发生点比较近的时候，应该及时停止，并且采用更稳妥的方式来取样和检测。
除了生态灾害之外，海洋环境检测针对其他灾害也有应急措施。比如偶尔会有货轮在海上发生泄漏或者倾覆的情况，如果船上货物为重污染的原油或者工业品，就会对海水的水质以及海域的生态环境造成重大影响，也应该及时进行更严格的监测。针对灾害的具体情况来制定相应的检测措施，比如检测的选择，检测频率的安排还有检测方法的制定。尤其需要注意的就是取样的环节，因为在海上取样的时候，样本可能会受到很多因素的影响，例如绞车和缆索，还有海水的扰动。需要根据经验进行预估，尽量采用更安全的方式。如果存在容易随时间发生变化的指标，还需要尽快安排化验。
海洋环境监测所包含的内容很多，尤其在多年的监测经验当中，也积累了很多应急方面的经验。这样在出现突发灾害的时候，也就能够充分发挥监测方面的能力，为救灾做出理论指导。
