生态环境部的组建从体制机制上将原来分散的生态环境保护职责统一起来，实现陆地和海洋等“五个打通”，但从技术层面来说，打通陆地和海洋的任务艰巨，尚需持续巩固和不断深化发展。从管理制度来看，生态补偿制度有待在海洋生态环境保护领域予以延伸，海洋生态保护红线监管有待与陆域生态保护红线一揽子考虑，海洋生态环境损害赔偿制度相对滞后，有待纳入全盘考虑，重点海域总量控制制度有待与排污许可证制度做好统筹，“湾长制”与“河长制”有待衔接并构成一个整体。从监测角度来看，以《海水水质标准》与《地表水环境质量标准》为例来分析，《地表水环境质量标准》中设置了“氨氮”“总磷”“总氮”指标，而《海水水质标准》设置了“无机氮”“非离子氨”和“活性磷酸盐”指标，完全不同的指标造成地表水和海水之间关于氮、磷物质的水质评价是两条线，制约了氮、磷等物质的陆海联防联控。从评价角度来看，以海水质量评价为例来分析，在近岸海域水质考核中，多年来受限于部门间“面积
法”和“点位法”之争，机构改革后，相关评价方法有待继续优化完善，河口区域评价方法也亟待尽快制定。海洋生态环境相关质量标准、排放标准、监测评价标准等技术体系尚处于梳理阶段，亟待将体制机制优势转化为技术优势并服务于新时期海洋生态环境监管工作。
本次机构改革后，原各级海洋生态环境监管部门所具备的技术支撑机构、人员队伍、船舶设备等分散于自然资源部、农业农村部、海警总队、生态环境部等部门。客观上分析，目前海洋生态环境保护专业技术人员能力和硬件能力支撑与职责履行还存在较大差距。一是海洋生态环境监测能力与海洋生态环境管理职责不匹配。海洋生态环境监测范围除以近岸海域为重点外，还应覆盖全部主张管辖海域，并有待向深远海等利益攸关海域拓展。现有海洋环境监测业务体系在技术支撑、人才队伍等方面欠缺严重，难以支撑近岸以外管辖海域乃至深远海的监测和管理需求，难以应对海洋生态灾害和环境突发事件，特别是一线监测力量的严重缺乏极大制约了我国海洋生态环境保护工作的开展。二是海洋生态环境监测船舶等基础设施严重缺乏。船舶是海洋生态环境监测和应急处置工作的重要保障，相关船舶的设计有特殊要求，需要配备海水、沉积物、生物等不同采样装置，并具备一定的实验室条件，这些难以通过租用民用船舶解决。目前可用于海洋生态环境监测和应急处置相关的专业船舶分散于各个部门，亟待加强整合并实施能力建设，尽快在作业范围、续航能力、专业化水平等方面满足全海域的海洋生态环境监测和突发事件应急响应的需求
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